12 mejores programas gratuitos de visualización de archivos XYZ para Windows

Hoy traemos un top de el mejor software gratuito de visualización de archivos XYZ para Windows. XYZ es un formato de archivo usado por varios programas de química para llevar estructura y datos moleculares. Con la ayuda de estos programas gratuitos, se puede visualizar fácilmente un modelo molecular contenido en un archivo XYZ. Además, estos programas pueden utilizarse para la visualización de datos moleculares de diferentes formatos como Banco de datos de proteínas (PDB), MOL, MOL2, MDL Formato de archivo Mol, CIM, Formato de archivo CIF, Formato de archivo MOPAC, etc.

Hablando de las características de visualización de las moléculas, puedes encontrar todas las características esenciales de vista y visualización para ver correctamente el modelo molecular. Las herramientas más comunes que puedes encontrar en todos los programas son rotar, hacer zoom, girar, estilo de renderizado ( Wireframe, Sticks, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, etc.), propiedades de visualización de moléculas, esquemas de color, y modo de pantalla completa . En algunos programas, también se obtienen herramientas avanzadas como auto-rotación, auto-optimización, vista de separación, animación, etc. También puedes ver información básica y estadísticas relacionadas con átomos, enlaces, moléculas, etc.

Muchos de estos visores de archivos XYZ son software de modelado molecular. Así, puedes encontrar todas las herramientas estándar de construcción de moléculas en ellos, como Añadir hidrógenos, Eliminar hidrógeno, Construir cadena, Dibujo a mano alzada, Crear superficies, etc. Además, algunas herramientas de cálculo útiles para calcular la energía, geometría optimizada, etc., también se pueden encontrar en algunos programas. En definitiva, se trata de un software de química que también puede utilizarse para ver archivos XYZ.

Mi programa favorito de visualización de archivos XYZ gratis para Windows:

Avogadro es un gran software de visualización molecular que puede utilizarse para ver el XYZ así como varios otros archivos de datos moleculares. También es un avanzado software de modelado molecular con calidad de herramientas de construcción de moléculas.

También me gustó IQmol que contiene un poderoso conjunto de herramientas de visualización y análisis de moléculas.

También puede que le gusten algunos de los mejores programas gratuitos de modelado molecular, simuladores de reacción química y el programa PDB Viewer para Windows.

Avogadro

Avogadro es un software libre de código abierto para visualizar archivos XYZ para Windows, Mac y Linux. Es un software rico en características que se utiliza para la visualización, construcción y edición molecular. En él se pueden visualizar modelos moleculares presentes en varios otros formatos, incluyendo MOL, MOL2, DMOL, PDB, CML, CIF, FCHK, GAMOUT, SDF, etc. Proporciona algunas herramientas de visualización realmente útiles que te ayudan a visualizar y analizar una estructura molecular de cerca. Veamos cuáles son las características de visualización de moléculas que ofrece este software.

Características de visualización de la molécula principal de Avogadro:

• Te permite ver la estructura de las moléculas en proyección ortográfica o en perspectiva.
• Puedes rotar o hacer zoom del modelo fácilmente con el ratón.
• En él, puedes encontrar herramientas prácticas de auto-rotación , auto-optimización , vista separada , modo de pantalla completa y para alinear moléculas .
• También puedes establecer un color de fondo diferente para visualizar un archivo molecular XYZ.
• Le permite alternar elementos de un modelo molecular para mostrar como ejes, fuerza, anillo, cinta, alambre simple, palo, superficies, dipolo, etc.
• También se proporciona una herramienta de medición que puede utilizarse para medir el ángulo, la distancia, etc.
• La vista personalizada de un modelo molecular contenida en un archivo XYZ puede ser guardada en PNG, BMP, JPG, SVG, EPS, y otros formatos.

Características adicionales:

• Proporciona un menú dedicado Build donde puedes encontrar todas las herramientas de creación de moléculas como Add Hydrogens, Remove Hydrogen, Insert (Fragment, DNARNA, SMILES, and Peptide), Super Cell Builder, Nanotube Builder, Change H to Methyl, Cartesian Editor, etc.
• Tiene varias características adicionales que pueden ser útiles como Optimizar la geometría, calcular la energía, búsqueda de conformadores, sombreadores GLSL, crear superficies, etc.

Conclusión:

Es un software de modelado molecular avanzado que puede utilizarse para la visualización de varios archivos moleculares, incluido el XYZ.

Página principal Descargar página

IQmol

IQmol es otro software gratuito de código abierto para visualizar archivos XYZ para Windows. Permite abrir simplemente un archivo XYZ y visualizar el modelo molecular guardado en él usando varias herramientas dedicadas. Además de XYZ, soporta algunos otros formatos de archivos moleculares como entrada. Algunos de los formatos soportados incluyen PDB, MOL, CUBE y FCHK.

Este software también se utiliza para construir una estructura molecular ya que contiene muchas herramientas de creación de moléculas. Algunas de las herramientas disponibles incluyen Insertar Moléculas por ID, Llenar Valencias con Hidrógenos, Establecer Isótopos, Establecer Restricciones Geométricas, Minimizar Estructura, Seleccionar Campo de Fuerza, Simmedir Molécula, Establecer Tolerancia de Simetría, etc. Se puede acceder a estas herramientas desde el menú de construcción. Puede utilizar estas herramientas para editar XYZ u otro archivo molecular compatible.

Características de visualización de moléculas de este visor de archivos XYZ:

• Puedes importar múltiples archivos XYZ en él y verlos todos juntos en el mismo espacio.
• Te permite rotar o ampliar la estructura molecular con la ayuda del ratón.
• También permite explorar diferentes aspectos de la estructura de la molécula XYZ, como la información genérica , el átomo, la longitud del enlace, las geometrías, , etc.
• Además de las características mencionadas anteriormente, se obtienen algunas opciones más relacionadas con la visualización como pantalla completa, mostrar ejes, ajustes de la cámara (proyección, rotación automática, posiciones, etc.). ), apariencia (ambiente, difuso, fuerza de la niebla, luces, intensidad del ruido, etc.), etiquetas de átomos (índice, elemento, masa, RMN, carga parcial, densidad de espín,), etc.
• Puedes guardar la vista molecular como un archivo de imagen incluyendo PNG y BMP.

Características adicionales:

• Algunas herramientas adicionales como Grabar animación, Generar entrada de PovRay, etc., también se proporcionan en él.
• También hay una herramienta de cálculo dedicada a calcular la energía, las fuerzas, la geometría, los cambios químicos, las frecuencias, etc.

Conclusión:

Es uno de los más destacados visores de archivos XYZ que también puede ser utilizado para la construcción o edición molecular.

Página principal Página de descarga

Molekel

Molekel es un software de visualización molecular dedicado que puede ser usado para ver el archivo XYZ. Además del archivo XYZ, puede visualizar otros archivos moleculares como PDB, MOL, MOL2, TMOL, YOB, ALC, SDF, SMI, RXN, PCM, PQS, etc. Proporciona todos los estándares así como algunas herramientas de visualización avanzadas que le ayudan a analizar una estructura molecular de cerca.

Características principales:

• Al importar un archivo XYZ en él, puedes ver el modelo y las estadísticas relacionadas como átomos, enlaces, energía, residuos, multiplicidad de espín, carga, conformadores, masa molar, masa exacta, frecuencias de vibración, etc., en su interfaz principal.
• Puedes ver varios archivos XYZ al mismo tiempo en él.
• Le permite personalizar la vista de los archivos XYZ configurando los ajustes de visualización de las moléculas, el fondo, las propiedades de la vista 3D, conmutar varias opciones de vista ( sonda plana, barra escalar MEP, cajas delimitadoras, ejes, etc.), y más.
• Usando el ratón, puedes girar, rotar o hacer zoom en la estructura molecular.
• Proporciona diferentes opciones de visualización interactiva, incluyendo Cámara, Pick AtomBond, Grabador de eventos, etc.
• Además, también se pueden encontrar en ella algunos ajustes de generación de superficie y análisis de moléculas ( Sonda Plana, Distancia, Ángulo, Espectro de Radiación, etc.).

Conclusión:

Es otro bonito y gratuito visor de archivos XYZ con un avanzado conjunto de herramientas de visualización de moléculas y una interfaz gráfica de usuario fácil de usar.

Página de inicio Página de descarga

ArgusLab

ArgusLab es un software de modelado molecular que también actúa como un visor de archivos XYZ. Tiene algunas herramientas avanzadas relacionadas con la visualización molecular así como con la construcción de moléculas. Puede ver y analizar archivos XYZ así como la estructura de las moléculas transportadas en formatos como PDB, MOL, MOL2, etc.

Principales características de la visualización molecular:

• Las herramientas básicas de visualización como rotar, hacer zoom, girar, etc., están incluidas en él.
• Puede configurar los ajustes relacionados con el color, el estilo de renderizado (alambre, cilindro, cilindro de bola, CPK), el campo eléctrico, la iluminación, el trazado rápido de superficies, el monitor de geometría , etc.
• Puede ver información básica sobre las estructuras moleculares relacionadas con los átomos, residuos, grupos, etc.
• También te permite personalizar la configuración de las etiquetas de los átomos.
• La imagen de la estructura molecular puede ser guardada en varios formatos, incluyendo PDF, TIFF, BMP, JPG y POV.

Características adicionales:

• Se puede utilizar en la edición de moléculas con la ayuda de opciones como añadir átomos, añadir hidrógenos, eliminar hidrógeno, crear y editar superficies, etc.
• Se pueden calcular diferentes parámetros de la estructura de una molécula como la energía , optimizar la geometría, el gausiano, el espectro electrónico ZINDO, etc.

Conclusión:

Es un buen software de modelado y visualización molecular con el que también puedes ver y analizar las moléculas guardadas en archivos XYZ.

Página principal Descargar página

Jmol

Jmol es un software portátil y gratuito de visualización de archivos XYZ para Windows. Es un software basado en Java, así que asegúrate de tener Java instalado en tu sistema antes de ejecutarlo. Además, como es un software portátil, puedes usarlo directamente sin tener que pasar por un proceso de instalación complicado.

Características de la visualización de la molécula principal de Jmol:

• Se pueden personalizar varios ajustes de visualización para ver la estructura molecular guardada en un archivo XYZ como tamaño del átomo , radio de enlace , mostrar mediciones , etiquetas de visualización (número, símbolo, nombre, etc.), mostrar ejes, caja delimitadora, profundidad de perspectiva, etc.
• Puede personalizar los ajustes de la pantalla de la superficie, como la superficie de puntos , la superficie de van der Waal, la superficie de disolventes, , etc.
• Te permite cambiar la vista de la estructura molecular a la parte superior, frontal, inferior, derecha, izquierda, etc.
• Puedes rotar, girar o hacer zoom para analizar correctamente el archivo XYZ.
• Proporciona una opción para exportar la vista del archivo XYZ importado a una imagen JPG.

Características adicionales:

Además de las herramientas ya mencionadas, tienes algunas características más útiles en él, incluyendo Medidas, Animar, Herramienta de superficie, Vibrar, AtomSetChooser, etc.

Conclusión:

Es un visor de archivos XYZ fácil de usar con el que también se visualizan archivos moleculares como PDB, MOL, MOL2, XYZ, CML, ENT, etc.

Página principal Página de descarga

RasMol

RasMol es otro visor de archivos XYZ de código abierto gratuito para Windows. Está especialmente diseñado para visualizar estructuras moleculares almacenadas en diferentes formatos de archivo, incluyendo Alchemy File Format, Protein Data Bank (PDB), Sybyl MOL2 Format, MDL Mol File Format, CIF File Format, MOPAC File Format , etc. Proporciona todas las herramientas esenciales para ver la estructura molecular en consecuencia. Veamos sus principales características de visualización.

Características clave de visualización de moléculas de este código abierto Visor de archivos YZ:

• Puedes cambiar el estilo de visualización a Wireframe, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, Cartoons, o Molecular Surface .
• Puedes personalizar el modo de color ( monocromo, estructura, cadena, grupo, modelo, usuario, temperatura, etc.) para ver la estructura molecular.
• También pueden activarse o desactivarse otras opciones de visualización en consecuencia, como los modos de losa, los hidrógenos, los heteroátomos, las etiquetas, el estéreo, etc.

Característica adicional:

Puede exportar fácilmente la vista del archivo XYZ a varios formatos de archivo como PPM, Sun Raster, BMP, GIF, IRIS RGB, PostScript, POVRay, VRML, Raster3D , etc.

Conclusión:

Es un decente visor de archivos XYZ con opciones básicas de visualización. También puedes ver otros archivos moleculares usando este software.

Página principal Página de descarga

Ascalaph Designer

Ascalaph Designer es el siguiente visor de archivos XYZ gratuito de esta lista. Se utiliza para múltiples utilidades relacionadas con la construcción molecular, visualización de moléculas, análisis de la estructura de las moléculas, etc. En cuanto a la visualización de archivos XYZ, se obtienen todas las herramientas de visualización estándar y algunas adicionales. Además de XYZ, puede abrir y ver PDB, MMOL, MOL2, ENT, y otros archivos moleculares en él.

Características de la visualización molecular que esperamos:

• Puedes cambiar el estilo de renderizado a wireframe, CPK wireframe, ball & sticks, stick, CPK, etc.
• Se puede hacer una rotación básica a través del ratón para ver la estructura de la molécula desde diferentes lados y ángulos.
• Al abrir un archivo XYZ en él, puedes ver su información como condiciones de límites, campo de fuerza, masa, número de átomos, enlaces y moléculas , etc.

Características adicionales:

• Se obtienen muchas herramientas útiles de modelado molecular en él. Por ejemplo, construir cadenas, unir moléculas, dibujar libremente, construir cristales, nanoestructuras, etc.
• Le permite calcular la energía y la energía intermolecular junto con otros parámetros como el ángulo, la torsión, etc.

Conclusión:

Es un software de construcción molecular bien diseñado que también puede utilizarse para ver las estructuras de las moléculas de XYZ y otros archivos soportados.

Página principal Página de descarga

COSMOview

COSMOview es otro visor de archivos XYZ gratuito para WIndows. No sólo XYZ, puedes ver algunos otros archivos moleculares en él, como PDB, SDB, WRL, MOL2, etc. Proporciona todas las herramientas básicas que te ayudan a visualizar una estructura molecular. Veamos cuáles son sus principales herramientas de visualización de moléculas.

Características principales:

• Puedes rotar el modelo molecular usando el ratón.
• Algunos ajustes de visualización también se pueden personalizar según sus preferencias, como el color de fondo , el factor de escala de átomos, la suavidad de la esfera, la visualización del bono, los ajustes de la etiqueta, , etc.
• Te permite guardar la vista de la estructura de la molécula como una imagen PNG.

Conclusión:

Es un simple y básico visor de archivos XYZ que puedes usar para ver algunos otros archivos moleculares.

Página de inicio Página de descarga

PubChem (Visor de Moléculas Pc3D)

PubChem ( Pc3D Molecule Viewer ) es otro buen visor de archivos XYZ para Windows y Mac. Es un software dedicado a la visualización molecular en 3D para ver las estructuras moleculares de formatos como los archivos SD (SDF), archivos moleculares comprimidos (GZIP) y archivos de modelos moleculares (XYZ). Sólo se obtienen algunas herramientas básicas de visualización que se mencionan a continuación.

Características principales de PubChem:

• Muestra un archivo XYZ en los modos de estructura Tile y Overlay.
• Puedes añadir moléculas de otro XYZ o archivo soportado al archivo actual.
• Le permite analizar correctamente el modelo molecular usando opciones como rotar, hacer zoom, desplazarse, alinear, mostrar elementos ocultos (información de la molécula, átomos, enlaces, símbolos, carbono, etc.), y más.
• Algunos ajustes generales y relacionados con el átomo y el enlace también pueden personalizarse, como la calidad de la imagen , el modelo de luz, mostrar información de las moléculas, proyección ortogonal, escala del átomo, coloración del átomo, mostrar orden, coloración del enlace, información del enlace, etc.

Conclusión:

Es un buen visor de archivos XYZ con sólo herramientas de visualización molecular selectivas pero útiles.