Este artículo contiene una lista de el mejor conversor gratuito de PDB a PDF software para Windows. Utilizando este software gratuito, puedes convertir la estructura molecular almacenada en un archivo Banco de Datos de Proteínas ( PDB ) a Formato de Documento Portátil ( PDF ). Básicamente, puedes guardar la vista de una estructura molecular en un formato imprimible como PDF. Para ello, puede incluso personalizar la vista molecular estableciendo varios parámetros de visualización, como estilo de vista (Wireframe, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, etc.), esquema de colores, mostrar u ocultar etiquetas, vista molecular (átomos, hidrógeno, etc.), etc. También puede rotar o hacer zoom en la estructura molecular y luego convertir la vista en formato PDF.
Muchos de estos programas listados son programas de modelado molecular. Por lo tanto, se puede modificar la estructura utilizando las herramientas de construcción de moléculas disponibles como añadir átomos, añadir hidrógeno, añadir estructuras químicas , etc. Además, estos son bastante buenos en la visualización de moléculas ya que proporcionan un buen conjunto de herramientas de visualización como rotar, hacer zoom, modo de visualización, mostrar etiquetas, mover, girar, etc. Además, muchas de ellas también muestran estadísticas relacionadas con el modelo molecular y proporcionan herramientas de cálculo y análisis.
Además de PDB, también puedes convertir otros archivos moleculares a PDF en la mayoría de estos programas. Los formatos de entrada más comúnmente soportados incluyen MOL, MOL2, ENT, XYZ, y CML. En cuanto a la salida, puede convertir PDB a varios formatos de imagen como PNG, BMP, JPG, PS, EPS, etc. Revise el artículo para saber más sobre estos programas.
Contenidos
Mi software gratuito favorito de conversión de PDB a PDF para Windows:
Avogadro es mi software convertidor de PDB a PDF favorito en esta lista, ya que es un software avanzado que también es bueno para la visualización y el modelado de moléculas. También está muy bien diseñado con algunas herramientas adicionales relacionadas con el modelado molecular.
Molekel es otra buena que puedes intentar convertir PDB a PDF.
También puede que le gusten algunos de los mejores programas gratuitos de PDB Viewer, de modelado molecular y de simulación química para Windows.
Avogadro
Avogadro es uno de los programas de modelado molecular de código abierto más populares para Windows, Linux y Mac. También puede ser usado para convertir PDB a PDF ya que provee una característica dedicada para ello. También se puede usar para convertir PDB a otros formatos como PNG, BMP, JPG, SVG, EPS, POV, VRML, etc.
Generalmente, este software se utiliza para la visualización, construcción y edición de moléculas. Para ello, contiene un conjunto de herramientas con muchas características que pueden ser utilizadas. Algunas de sus herramientas incluyen Perspectiva o Proyección ortogonal , Modo de pantalla completa, Agregar hidrógenos, Insertar (Fragmento, DNARNA, SMILES, y Péptido), Constructor de Super Células, Constructor de Nanotubos, Cambiar H a Metilo, Editor Cartesiano, etc.
Cómo convertir PDB a PDF en Avogadro:
- Usando su función de apertura, importa un archivo PDB a este software.
- Editar el modelo molecular con las herramientas disponibles, si es necesario.
- Ahora, vaya a su menú Archivo y haga clic en la opción Exportar> Gráficos vectoriales y seleccione PDF como formato de salida para guardar la vista molecular en formato PDF.
Antes de la conversión de PDB a PDF, puede personalizar la configuración de la pantalla para exportar una vista personalizada de las moléculas a un archivo PDF o gráfico. Estos ajustes de visualización incluyen mostrar ejes ocultos, fuerza, dipolo, polígono, anillo, palo, superficies, marco de alambre, etc.
Características adicionales:
- Contiene varias extensiones que mejoran aún más su funcionalidad, como Optimizar la geometría, Calcular la energía, Búsqueda de conformadores, Sombreadores GLSL, etc.
- Además de PDB, soporta varios formatos de archivos de entrada como CML, XYZ, MOL, MOL2, ENT, GAMOUT, etc.
Conclusión:
Es un gran software convertidor de PDB a PDF de código abierto y gratuito que proporciona una salida de buena calidad. También puede modificar el archivo PDB antes de iniciar la conversión a PDF o a cualquier formato gráfico.
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Molekel
Molekel es un software gratuito de visualización de archivos de moléculas que también se puede utilizar para convertir PDB a PDF. Proporciona una opción directa para convertir archivos PDB al formato PDF. De esta manera, puedes importar fácilmente un archivo de estructura PDB y luego guardarlo en un archivo PDF. Además, puede convertir otros archivos moleculares a PDF, ya que soporta un amplio número de formatos de entrada, incluyendo XYZ, YOB, ALC, SDF, SMI, RXN, PCM, PQS, MOL, MOL2, TMOL, etc.
Cómo convertir PDB a PDF en Molekel:
- Simplemente abre un archivo PDB en él, que puedes ver y analizar adecuadamente usando sus herramientas de visualización avanzadas.
- Ahora, en su menú Archivo, haga clic en la opción Guardar en PDF para convertir PDB en PDF.
Características adicionales:
- Puede personalizar varios ajustes de visualización antes de convertir la estructura del PDB a PDF, como el fondo, la vista de las moléculas (ball & stick, stick, wireframe, etc.), el átomo, la unión, las propiedades de la vista 3D, etc.
- Te permite grabar la animación molecular y exportarla.
- Proporciona algunas características de análisis incluyendo sonda plana, distancia, ángulo, ángulo diedro y espectro de radiación.
- Puede convertir los archivos PDB y otros archivos de estructuras moleculares en imágenes PS, EPS, PNG y TIFF.
- También puede ver las propiedades básicas del modelo molecular y las estadísticas relacionadas con átomos, enlaces, energía, residuos, conformadores, masa molar, masa exacta, multiplicidad de espín, frecuencias de vibración, etc.
Conclusión:
Es un buen conversor de PDB a PDF que también proporciona algunas herramientas avanzadas de visualización molecular.
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RasMol
RasMol es otro software gratuito de conversión de PDB a PDF para Windows. Es un bonito visor de archivos moleculares que también puedes usar para convertir PDB u otro archivo de entrada soportado a varios otros formatos. Estos formatos incluyen BMP, GIF, IRIS RGB, PPM, Sun Raster, PostScript, POVRay, VRML, Raster3D , etc. Sin embargo, para convertir PDB a PDF, tendrás que usar su función de impresión. Veamos los pasos ordenados que hay que realizar para convertir una estructura molecular guardada en un archivo PDB a PDF.
Cómo convertir PDB a PDF en RasMol:
- Importar un archivo PDB en él usando la opción Abrir.
- Después de eso, puede configurar la visualización de la estructura molecular utilizando las opciones disponibles como el modo de visualización (wireframe, backbone, sticks, ball & sticks, ribbons, strands, etc.), colores (monocromo, cadena, temperatura, habilitar o deshabilitar opciones como los modos de losa, hidrógenos, heteroátomos, etiquetas, estéreo, etc., y más.
- Ahora puede utilizar su función de impresión para convertir la vista personalizada de la estructura molecular del PDB al formato PDF.
Conclusión:
Es otro buen software convertidor de PDB a PDF, ya que también puede convertir PDB a varios otros formatos gráficos como se ha mencionado anteriormente. Además, soporta muchos otros formatos de archivo como entrada aparte de PDB, como Alchemy File Format, Sybyl MOL2 Format, MDL Mol File Format, CIF File Format, MOPAC File Format , etc.
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ArgusLab
ArgusLab es un software gratuito de construcción molecular que puede utilizarse para convertir PDB a PDF. Usándolo, puede importar y ver fácilmente archivos de datos moleculares como PDB, XYZ, MOL, MOL2, etc., así como convertir estos archivos a otros formatos incluyendo PDF, TIFF, BMP, JPG, y POV. Como le permite construir modelos moleculares, también puede editar un archivo PDB antes de la conversión.
Cómo convertir PDB a PDF usando ArgusLab:
- Al principio, abre un archivo PDB en él que podrás ver en su interfaz.
- Ahora, si es necesario, se puede modificar el modelo molecular utilizando herramientas como modo de traducción, añadir átomos, añadir hidrógenos, eliminar hidrógeno, crear y editar superficies, etc.
- A continuación, para guardar la vista del modelo PDB en formato PDF, haga clic en su menú Archivo> opción Imprimir y seleccione «Microsoft Print to PDF» como la impresora. De esta manera, podrá convertir el PDF a PDF.
Características adicionales:
- Permite explorar diferentes elementos de un PDB o cualquier otro archivo molecular como átomos, residuos, grupos, etc.
- Permite realizar diversos cálculos relacionados con el modelo molecular como la energía, optimizar la geometría, Gaussiano, etc.
Conclusión:
Es un destacado software de construcción de moléculas que también actúa como convertidor de PDB a PDF.
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Jmol
Jmol es otro software convertidor de PDB a PDF de código abierto y gratuito para Windows. Es un bonito software modelador de moléculas con el que puedes ver, editar y construir archivos moleculares. Además de PDB, funciona con algunos otros formatos como MOL, MOL2, XYZ, CML, ENT, y muchos más formatos de archivos de moléculas inusuales.
Cómo convertir PDB a PDF usando este modelador molecular gratuito de código abierto:
- En primer lugar, vaya al menú Archivo y utilice la opción Abrir para importar un archivo PDB en él.
- Ahora, puedes editar la estructura molecular usando las herramientas de modelado disponibles.
- Después de eso, usa su función de impresión para convertir el PDB al formato PDF. Mientras lo hace, asegúrese de haber configurado la impresora a Microsoft Print a PDF .
Características adicionales:
- Contiene algunas herramientas adicionales que puede utilizar según sus necesidades como Animar, Medir, Vibrar, Herramienta de Superficie, Crear Archivo de Entrada Gaussiano, etc.
Conclusión:
Es un bonito convertidor portátil de PDB a PDF que no requiere instalación. Puedes usarlo directamente sobre la marcha desde cualquier dispositivo de almacenamiento portátil.
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BALLView
BALLView es otro software convertidor gratuito de código abierto de PDB a PDF de esta lista. Como otros programas de la lista, también permite importar un archivo PDB y luego imprimir la vista de la estructura molecular en formato PDF. Además de PDF, también puedes usarlo para convertir PDB a otros formatos incluyendo PNG, POV, XHTML, VRML, y STL.
Además de PDB, soporta algunos otros formatos de archivos químicos que puedes ver, editar o convertir. Estos formatos de entrada incluyen MOL, MOL2, XYZ, ENT, AC, SD, etc.
Cómo convertir PDB a PDF usando BALLView:
- El primer paso es importar un archivo PDB usando su opción Archivo> Abrir> Estructura.
- A continuación, utilice su opción de impresión y seleccione Microsoft Print to PDF como impresora para convertir PDB en PDF.
Conclusión:
Es otra alternativa decente para convertir un archivo de Banco de Datos de Proteínas a formato PDF.
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