Hoy traemos un top de el mejor software gratuito de edición de PDB para Windows. Estos son básicamente programas de modelado molecular que permiten editar archivos del Banco de Datos de Proteínas ( PDB ) que contienen estructuras moleculares en 3D. Se puede añadir directamente eliminar átomos de hidrógeno, insertar varios elementos químicos de la tabla periódica, definir enlaces, añadir nanoestructuras, transformar la estructura molecular, etc. Estos programas también proporcionan una base de datos incorporada desde la que se pueden insertar directamente varias moléculas, ADN, aminoácidos, diferentes grupos funcionales, etc. En definitiva, se obtienen todas las herramientas esenciales en estos programas para editar fácilmente los archivos PDB.
Además de PDB, también puede usar el software listado para editar archivos moleculares como XYZ, MOL, MOL2, etc. Estos programas también proporcionan un gran entorno de visualización de moléculas para ver las estructuras moleculares en 3D. Tienes a mano la función de rotación, paneo, zoom, estilo de dibujo, auto-rotación, y más características que te ayudan a ver correctamente un PDB o cualquier otro archivo químico soportado.
En muchos de estos editores de archivos PDB, se obtienen características de análisis y cálculo para estimar varios parámetros relacionados con la estructura de una molécula. Estos parámetros incluyen la geometría optimizada, la energía, la longitud del enlace, el momento del dipolo, el momento del cuadrupolo, etc. En general, se trata de un software con muchas características que también puede utilizarse para editar un archivo PDB.
Contenidos
Mi programa favorito de edición gratuita de PDB para Windows:
Avogadro es mi software favorito, ya que ofrece todas las funciones necesarias para editar archivos PDB sin demasiadas complicaciones. En él, puedes encontrar un conjunto adicional de herramientas que te ayudan en el modelado y análisis molecular.
IQmol es otro de mis favoritos, ya que viene con un GUI limpio y fácil de usar. También me gustan sus características que te permiten visualizar modelos moleculares adecuadamente.
También puede que le gusten algunos de los mejores programas gratuitos de PDB Viewer, Molecular Modeling Software y PDB to PDF Converter Software para Windows.
Avogadro
Avogadro es un software libre de código abierto de edición PDB para Windows. Básicamente, es un software de modelado molecular en 3D que se utiliza para ver, crear y editar estructuras moleculares. Además de PDB, soporta diferentes formatos de archivos moleculares incluyendo CML, XYZ, MOL, MOL2, ENT, GAMOUT, etc. Veamos cuáles son las características que tiene.
Características principales de este editor gratuito de PDB:
- Proporciona un Editor Cartesiano para hacer cambios en la longitud del enlace manualmente.
- Puedes añadir hidrógenos o eliminar el hidrógeno de la estructura molecular. También proporciona una opción práctica de añadir hidrógenos ácidos a los grupos ionizables.
- Se obtiene una opción » Cambiar H a Metilo » para convertir el hidrógeno presente en la estructura a grupo Metilo.
- Se proporciona una función útil para insertar directamente fragmentos de ácido nucleico (ADN ARN), de la base de datos incorporada de fragmentos moleculares (alcoholes, alcanos, aminoácidos, carbohidratos, etc.). ), fragmentos de SMILES (Sistema simplificado de entrada de línea de entrada molecular), y péptido .
- Además, también proporciona características como Super Cell Builder y Nanotube Builder .
- También puede invertir las propiedades geométricas iniciales a la configuración opuesta de RS usando el botón dedicado.
Características adicionales:
- Contiene un menú de Cristalografía que le permite añadir eliminar células unidad, traducir átomos, construir una losa de superficie, envolver átomos a la célula, importar cristal del portapapeles , etc.
- Se obtiene una función de Mecánica Molecular que permite configurar el campo de fuerza, calcular la energía, buscar conformadores, aplicar restricciones, etc.
- Optimizar la Geometría, Sombreadores GLSL, Gráficos Moleculares, etc., son algunas de las herramientas que puedes encontrar en este editor PDB.
- También es un buen software de visualización molecular, ya que proporciona herramientas útiles como auto-rotación, auto-optimización, modo de pantalla completa, zoom in out, etc.
Conclusión:
Avogadro es uno de los mejores editores gratuitos de PDB, ya que incluye un avanzado conjunto de herramientas de construcción, visualización y análisis molecular.
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IQmol
IQmol es otro editor PDB de código abierto gratuito para Windows. Usándolo, puedes editar el archivo PDB así como otros archivos moleculares incluyendo MOL, CUBE, XYZ, y FCHK. Proporciona un menú dedicado Build en el que se pueden encontrar todas las herramientas necesarias para crear o editar un modelo molecular.
Características principales de este editor gratuito de PDB:
- Puedes añadir moléculas al archivo PDB usando los identificadores SMILES o InChI.
- Proporciona una tabla periódica incorporada para añadir los elementos deseados a la estructura molecular.
- Permite añadir grupos funcionales, EFP, o diferentes moléculas al modelo usando la base de datos proporcionada.
- También puedes encontrar opciones útiles como Llenar las valencias con hidrógenos, Repartir los enlaces, Fijar los isótopos, Minimizar la estructura, Traducir al centro, Simetrizar la estructura, Autodetectar la simetría, Seleccionar el campo de fuerza ( Químico, Gaff, UFF, etc. ) , y más que te ayudan a editar el archivo PDB.
Características adicionales:
- También puede calcular la energía, las fuerzas, la geometría, los desplazamientos químicos, las frecuencias , etc., utilizando su función de Cálculo Q-Chem.
- Ofrece características como Grabar la animación, guardar instantáneas de la animación, generar la entrada de PovRay, etc., que pueden ser útiles.
- Además del modelado y edición molecular, es un muy buen visor de moléculas con herramientas como la rotación, el zoom, pantalla completa, ajustes de la cámara , apariencia , etc.
Conclusión:
Es uno de mis editores favoritos de PDB, ya que viene con todas las herramientas esenciales de modelado molecular en un GUI limpio e intuitivo.
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ArgusLab
ArgusLab es un software editor de PDB sin problemas para Windows. En él, puedes importar fácilmente un archivo PDB y luego editarlo según tus necesidades. Se trata principalmente de un software de modelado molecular con el que puede crear un modelo molecular desde cero. También puede abrir y visualizar varios archivos moleculares en 3D, como XYZ, MOL, MOL2, etc.
Principales características de edición del PDB:
- Puede agregar directamente átomos de varios elementos usando su Tabla Periódica incorporada.
- Te permite añadir, eliminar u ocultar átomos de hidrógeno.
- Puedes crear un ligando, un sitio de unión, u otros grupos funcionales.
- También se proporciona una función de «Modo de Agregar Fragmentos» para agregar directamente estructuras de anillos y aminoácidos como Ciclopropano, Ciclobutano, Ciclopentano, Ciclohexano-Cabeza, Ciclohexano-Barco, Antraceno, Pirimidina, Pirrol, indol, L-alanina, L-arginina, Glicina, L-serina, L-triptófano, L-isoleucina, L-histidina, L-prolina, etc.
- También proporciona una opción dedicada Auto Bonds .
- Las herramientas de selección estándar como seleccionar vecinos, invertir la selección, etc., también se proporcionan en él.
- Geometría Limpia , Hidrógenos Limpios , y Hibridación Limpia pueden ser usados para la optimización del modelo molecular.
- En su panel izquierdo se proporciona un práctico navegador de objetos desde el que se pueden editar diferentes aspectos (átomos, grupo, etc.) de un archivo PDB.
Características adicionales:
- Se pueden realizar muchos cálculos relacionados con un archivo PDB o con otro modelo molecular como el de la energía , optimizar la geometría, el gaussiano, , etc.
- También es bueno para la visualización de moléculas para ver los archivos químicos soportados. Algunas de las herramientas de visualización que se obtienen en él incluyen la rotación, el zoom, el giro, el estilo de dibujo, etc.
Conclusión:
Es otro bonito y sencillo editor de archivos PDB con el que también se pueden calcular diferentes parámetros de un modelo molecular.
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Ascalaph Designer
Ascalaph Designer es un software de edición PDB portátil para Windows. Es un software de modelado molecular destacado que puedes usar para crear nuevas estructuras moleculares o editar las existentes. Para editar, soporta algunos formatos más que PDB que incluyen MMOL, MOL2, ENT, y XYZ. Además de construir modelos moleculares, también puede ser usado para la visualización y análisis de moléculas.
Características principales:
Para editar el archivo PDB, puedes usar su menú Build que contiene las siguientes opciones:
- Puedes construir una cadena de diferentes moléculas incluyendo aminoácidos, ADN, pentamidina, etc.
- Le permite construir cristales especificando varios parámetros relacionados como el sistema de cristales , parámetros de red, copias de células, etc.
- También puedes dibujar moléculas con el ratón en la tabla periódica. Usa «Ctrl+Mayús+ratón» para dibujar elementos en el modelo.
- También obtienes estructuras de nanocarbono para añadir al modelo molecular.
- También dispone de algunas herramientas útiles como «unir dos moléculas utilizando hidrógenos seleccionados», detectar el enlace, detectar las moléculas, hacer coincidir el átomo, eliminar los choques, etc.
Características adicionales:
- Este software proporciona herramientas de análisis para examinar diferentes aspectos de un modelo molecular, como el RDF, el momento dipolar, el momento cuadrupolar, la geometría, la energía, la energía intermolecular, la presión, la temperatura, etc.
- También se obtiene una característica de Compute que proporciona varias opciones de cálculo como Dynamics, Monte-Carlo, Replica exchange, Optimize , etc.
Conclusión:
Es otro buen software con el que se pueden construir nuevas estructuras moleculares o editar modelos contenidos en un archivo PDB o cualquier otro archivo soportado.
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MoluCAD
MoluCAD es un software editor de PDB fácil de usar para Windows. En él, también puedes editar archivos MOL y XYZ. Puedes simplemente abrir un archivo PDB usando su función Archivo> Importar y luego modificar la estructura usando las herramientas de modelado disponibles. Además de eso, también puedes simplemente visualizar los archivos moleculares soportados en él.
Principales características de edición del PDB:
- Puede añadir átomos de la tabla periódica y conectarlos según sea necesario. También te permite insertar átomos manualmente introduciendo coordenadas.
- Proporciona una característica para añadir una estructura de anillo al modelo.
- También contiene una base de datos de varias moléculas, elementos, grupos funcionales, etc., que se pueden añadir directamente al modelo actual de PDB.
- En su menú Edición, puede encontrar características útiles como Arrastrar, Rotar, Mover, Dividir vínculo, Propiedades del átomo, Propiedades del vínculo, etc.
Características adicionales:
- Proporciona un conjunto útil de opciones de visualización de moléculas como modo de arrastre, modo de gráficos, giro continuo, zoom, pan, etc.
- También puedes calcular la distancia entre los átomos, la longitud del enlace, el ángulo de flexión, el ángulo de torsión, encontrar anillos, el centro de masa, la masa total de un cúmulo, etc.
- Contiene una función de «Energía» que permite evaluar la energía, minimizarla, mostrar los índices de los átomos, mostrar el tipo de MM3, etc.
- Además del PDB, puede exportar un modelo molecular en formatos de MS Excel Worksheet, formatos gráficos, MOL, XYZ, etc.
Conclusión:
Es un software gratuito más que puede utilizarse para editar archivos PDB y construir nuevos modelos moleculares.
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